VMD može raditi s vrlo velikim strukturama do granica dostupne memorije.64-bitne verzije VMD-a omogućuju učitavanje simulacija putanje velike veličine i dugoročnih skali u fizičku memoriju i smještaj velikih volumetrijskih skupova podataka.Simulacija kapsida za HIV od 64 milijuna atoma, opisana u Natureu od 30. svibnja 2013., prvorazredni je primjer onoga što se može učiniti s VMD-om na odgovarajuće opremljenoj grafičkoj radnoj stanici.Model HIV-1 pripremljen je za simulaciju korištenjem alata za izgradnju strukture, a skripcijske značajke VMD-a kasnije su korištene za analizu putanje.Sve-atomska struktura kapsida HIV-1 prikazana na natkrivanju Nature prikazana je unutar VMD-a primjenom unutarnjeg mehanizma za praćenje zraka Tachyon, a zatim je komponirana s umjetničkim prikazom virusne ovojnice i tekstom Nature cover....
Web stranica:
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/Kategorije
Alternativa VMD - Visual Molecular Dynamicsu za sve platforme s bilo kojom licencom
3
2
1
