MSYS je kolekcija GNU uslužnih programa kao što su bash, make, gawk i grep kako bi se omogućilo stvaranje aplikacija i programa koji ovise o tradicionalno UNIX alatima.Namijenjen je dopuni MinGW-a i nedostacima cmd ljuske.Primjer bi bila izrada knjižnice koja koristi sustav za izgradnju autotools.Korisnici obično pokreću "./configure", a zatim "prave" kako bi je izgradili.Za konfiguraciju skripte školjke potreban je tumač skripta ljuske koji nije prisutan u Windows sustavima, ali ga pruža MSYS ....