Mark of Ninja sastoji se od 2D platforme orijentirane na stealth.Lik se mora provući kroz niz okruženja, a pritom se držati izvan pogleda stražara i obavljati tihe oduzeće.Razine su podijeljene na područja svjetlosti i tame;lik igrača je nevidljiv dok je u potonjem.Zvukovi poput trčanja mogu također odavati mjesto igračevog lika i vizualno su predstavljeni krugom koji se brzo širi.Neobičan za platformer, Mark of the Ninja koristi liniju vida, što znači da su neprijatelji koji bi bili nevidljivi liku također nevidljivi za igrača, iako su njihovi zvukovi prikazani na ekranu na isti način kao i karakteri igrača .... Približavajući se neprijateljima neotkriven, lik igrača može izvršiti ubojstvo jednim pogotkom.Da bi se to olakšalo, igrač može ugasiti izvore svjetla, sakriti se iza predmeta i prolaziti kroz uske rešetke i osovine nedostupne neprijateljima.Ako ih se otkrije, oni moraju izbjeći svoje neprijatelje i ostati izvan vida tokom određenog razdoblja, nakon čega će se neprijatelji vratiti na prvobitne položaje i ponovno će biti moguće smaknuće.Neprijatelji reagiraju na svoje okruženje i jedni na druge;oglasiće se alarmom ako primijete lik igrača ili pronađu tijelo koje će upozoriti sve neprijatelje u tom području.Ako čuju zvuk ili opaze lik igrača, postaju sumnjičavi, pokazujući upitnik iznad glave i aktivno tražeći lik igrača.Splet: Priča igre počinje napadom oružanih snaga na nindžinu bazu.Neimenovanog glavnog lika, preminulog nakon primanja tetovaže, budi ženska ninja po imenu Ora.Prikupljajući svoju opremu, nindža je u stanju pobijediti vojnike i spasiti svog gospodara Azaija, zajedno sa svojim ostalim suputnicima.Azai mu govori o snazi ​​svoje tetovaže i legendi oko nje, objašnjavajući kako tinta dolazi od posebnog pustinjskog cvijeta koji daje posebne vještine, ali uz veliku cijenu ...