Da bi se pomoglo znanstvenicima u zaštiti okoliša u pronalaženju «adekvatnog» modela sustava koji istražuju, potreban je računalni program koji omogućuje njegovim korisnicima da izvode simulacije pomoću različitih modela, kako bi procijenili prepoznatljivost i procijenili vrijednosti parametara modela (pomoću izmjerenih podataka) i za procjenu nesigurnosti predviđanja.Računalni program AQUASIM razvijen je za izvođenje takvih analiza tehničkih i prirodnih vodenih sustava.AQUASIM svojim korisnicima omogućuje definiranje prostorne konfiguracije sustava koji se ispituje kao skup pretinaca, koji se međusobno mogu povezati vezama.Trenutno raspoloživi tipovi pretinca uključuju miješane reaktore, reaktore na biofilmu (koji se sastoje od biofilma i faze velikih količina tečnosti), advektivno-difuzne reaktore (čepni protočni reaktori sa ili bez disperzije), zasićene stupove tla (sa sorpcijom i izmjenom volumena pora),riječni dijelovi (opisuju protok vode i transport tvari i transformaciju u otvorenim kanalima) i jezera (opisuju stratifikaciju i transport tvari i transformaciju u vodenom stupcu jezera i u susjednim slojevima sedimenta).Odjeljci se mogu povezati dvije vrste veza (jezera se još ne mogu povezati s drugim odjeljcima).Advektivne veze predstavljaju protok vode i transport advektivnih tvari između odjeljaka, uključujući bifurkacije i spojeve.Difuzne veze predstavljaju granične slojeve ili membrane, u koje određene tvari mogu selektivno prodrijeti.Korisnik programa slobodan je odrediti sve varijable stanja i procese transformacije koji će biti aktivni u odjeljcima.Za model koji je definirao korisnik, program može izvoditi simulacije, analize osjetljivosti i procjene parametara koristeći izmjerene podatke.Ove značajke čine program vrlo korisnim istraživačkim alatom.Izračunati rezultati mogu se prikazati na zaslonu (samo verzija sučelja prozora), zapisati u datoteku Post-Script za prijenos na pisač ......