Prototip 1: Igra je postavljena u New Yorku, gdje se viruelna kuga poznata kao Blacklight širi Manhattanom.Oni zaraženi mutiraju se u grozna čudovišta različitog oblika, s nekontroliranim porivom da se ubiju svi neinficirani životni oblici.U središtu je glavni junak, Alex Mercer, nevjerojatno moćan oblikovač stilova koji nema sjećanja na svoju prošlost.Paralelno s pričom igre je i mogućnost da igrate igru ​​kao igra s video-igrama u obliku pijeska, što igraču daje slobodu da luta po Manhattanu.Prototype je akcijska i avanturistička otvorena svjetska video igra koju je razvila kompanija Radical Entertainment i objavila Activision.Igra je objavljena u Sjevernoj Americi 9. lipnja 2009, a u jugozapadnim dijelovima Sjeverne Amerike, kao i Oceaniji 10. lipnja, a u Europi je puštena 12. lipnja .... Plot Igra slijedi Alex J. Mercera koji se budiu mrtvačnici u podrumu Genteka, tvrtke za genetski inženjering sa sjedištem na Manhattanu, poslali su dvojicu znanstvenika koji su upravo trebali obaviti obdukciju.Alex bježi i svjedoči kako su vojni operativci napadali znanstvenike.Alex je otkriven i napadnut ... Prototip 2: Igra sadrži novog glavnog junaka, Jamesa Hellera, dok ide u potragu za uništavanjem virusa Blacklight.Priča je također osveta, jer Heller želi ubiti Alexa Mercera, protagonista originalnog Prototipa, nakon što je njegova obitelj ubijena u izbijanju virusa Blacklight.Zemljište 14 mjeseci nakon prototipa, Manhattan je ponovno u karanteni, zbog drugog izbijanja, jednog daleko goreg od prvog, i blokiran je iz ostalih četvrti New Yorka, koje je preimenovano u New York Zero (NYZ).Njujorške četvrti podijeljene su u tri zone, Crvenu, Žutu i Zelenu zonu.Svaka regija zastupa utjecaj New Yorka na virus Blacklight.Zaražena je većina New York Zero-a.James Heller imat će misije u svakoj zoni, a poteškoće svake misije ovisit će o kojoj se zoni radi