BioBlender je programski paket izgrađen na open-source softveru za 3D modeliranje.Biologija djeluje na nano skali, s predmetima nevidljivim za ljudsko oko.Pomoću BioBlendera moguće je prikazati neke od znakova koji naseljavaju naše stanice na temelju znanstvenih podataka i najvišeg standarda 3D manipulacije.Znanstvenici širom svijeta proučavaju bjelančevine na atomskoj razini i deponuju informacije u javnom skladištu Protein Data Bank, gdje je svaka molekula opisana kao popis svojih atoma i njihove 3D koordinate .... Korisnici BioBlender-a mogu rukovati proteinima u 3D prostoru, prikazujući njihovu površinu na fotorealistički način i razrađujući pokrete proteina na temelju poznatih konformacija.PDB datoteke mogu se učitati iz korisničko definiranog direktorija ili preuzeti izravno s PDB mjesta (umetanjem PDB koda).Protein je prikazan u 3D (kao atomi ili molekularna površina) i korisnik može izračunati i vizualizirati njegova površinska svojstva, Molekularni lipofilni potencijal i Elektrostatički potencijal.Za kretanje bjelančevina, BioBlender izračunava intermedijare između dva usklađivanja koristeći Blender Game Engine.Program daje kao izlaz i intermedijske datoteke PDB-a i pružene slike u obliku filma.BioBlender je implementacija Blendera, otvorenog koda, slobodno distribuiranog, multiplatformnog, interoperabilnog i podržanog programa 3D animacije, vizualnih efekata i videoigara.Kombinacija 3D računalne grafike, pokretačkih igara i znanstvenih programa čine BioBlender cjelovitim instrumentom za razrađivanje pokreta bjelančevina i za prikaz njihovih površinskih karakteristika pomoću vizualnog koda temeljenog na teksturama i specijalnim efektima čestica.Na taj je način moguće pokazati fizička i kemijska svojstva molekule u pokretu.BioBlender je rezultat suradnje koju je vodila grupa SciVis na CNR-u u Pizi (Italija), između znanstvenika različitih disciplina (biologija, kemija, fizika, računalne znanosti) i