AtomEye je atomistički softver za vizualizaciju dovoljno brz da može podnijeti rezultate simulacija molekularne dinamike s milijunima atoma.To uključuje paralelne i perspektivne projekcije s potpunom trodimenzionalnom navigacijom, prilagodljivim izračunavanjem veze i koordinacijskog broja, bojno kodiranje proizvoljnih korisničkih količina, lokalno atomsko naprezanje invarijanta, obojeno popločavanje atoma i praćenje, do 16 ravnina sječenja, periodično granično stanjeprijevodi, snimke zaslona JPEG, PNG i EPS i scenarije za animaciju ....